Макаров В. В. начал врачебную практику в 1972 году в качестве детского психоневролога, детского психиатра. Затем работал психиатром, психиатром, психиатром — наркологом.В течение 10 лет был ассистентом кафедры психиатрии и медицинской психологии новосибирского медицинского института. Научные исследования вёл в спецшколе для несовершеннолетних правонарушителей.
В 1982 году защитил кандидатскую диссертацию на тему: «Развитие алкоголизма у подростков».
С 1986 по 1996 год заведовал кафедрой психиатрии, наркологии, психотерапии и медицинской психологии Красноярской медицинской академии. Кафедра стала межвузовским центром подготовки психотерапевтов и медицинских психологов. Численный состав сотрудников кафедры увеличился более чем в пять раз.
Доктор медицинских наук с 1992, профессор с 1994. Здесь в полной мере реализовался творческий потенциал Макарова В.В. Им была защищена докторская диссертация на тему: «Клинико-социальные аспекты раннего пьянства и алкоголизма »Были заложены основы нового подхода в психотерапии: «Мультимодальной российской психотерапии». В настоящее время это единственный национальный российский метод, признаваемый Европейской Ассоциацией Психотерапии. Он получает дальнейшее развитие как метод «Полимодальной психотерапии».
Сложилась концепция образования по психотерапии. Была разработана теория и практика нового направления консультирования и психотерапии, получившая название: «Метод кристаллизации проблем». В дальнейшем получившая название: «Метод кристаллизации проблем, кристаллизации решений».
Известный педагог высшей школы. Под его руководством защищено 16 диссертаций, готовится к защите ещё 8 кандидатских и докторских квалификационных работ.
Автор концепции образования путём погружения в специально созданную учебно — тренинговую, терапевтическую среду, практики психотерапевтических декадников проводимых им с 1989 года по настоящее время в России и за рубежом.
С 1997 года — по настоящее время заведующий кафедрой психотерапии и сексологии Российской медицинской академии последипломного образования. Кафедра сохраняет и развивает свой статус ведущей структуры в области последипломного образования по психотерапии в России.
За эти года кафедра получила международное признание. Отмечается квалификационный рост сотрудников кафедры. Так число докторов медицинских наук за эти года увеличилось в пять раз.
С 1998 года Макаров В.В. — президент Общероссийской Профессиональной Психотерапевтической Лиги, в 1999, 2001-2003 годах Вице-президент Европейской Ассоциации Психотерапии, а в 2000 году Президент этой организации. С 2002 года Вице-президент Всемирного Совета по Психотерапии. С 2003 года Вице-президент Азиатской Федерации Психотерапии. С 2006 года президент этой организации.
Первым из России, в 1998 году, внесён в единый реестр профессиональных психотерапевтов Европы, а в 2007 году в единый реестр профессиональных психотерапевтов мира.
Профессиональная психотерапевтическая лига представляет психотерапию Российской Федерации в основным международных организациях как на континентальном уровне: Европейской Ассоциации Психотерапии, Азиатской Федерации Психотерапии, так и во Всемирном Совете по Психотерапии.